Η συλλογή κειμηλίων της ενορίας των Απολλώνων περιλαμβάνει περισσότερα από τριακόσια αντικείμενα, με τα περισσότερα από αυτά να είναι εξαιρετικής καλλιτεχνικής ποιότητας και αξίας. Σχεδόν στο σύνολό τους αποτελούν εκκλησιαστικά αντικείμενα, ενώ υπάρχουν και κοσμήματα, αφιερώματα πιστών, αλλά και χρηστικά αντικείμενα που απόκτησαν νέα χρήση μέσα στη λειτουργική πρακτική της ενορίας.

Σημαντικό κειμήλιο αποτελεί ο «Κώδικάς των Απολλώνων» ή «Κώδικας του Αρταμίτη» χειρόγραφος, γραμμένος σε περγαμηνή, έργο του ιερομόναχου Νείλου, Ηγουμένου της ιεράς μονής Αρταμίτη, με χρονολόγηση στο 1181. Άλλο σημαντικό κειμήλιο της ενορίας αποτελεί η εικόνα της Παναγίας Καρυωνίτισσας, που φέρει ασημένιο έλασμα με το οικόσημο του Μεγάλου Μαγίστρου Pierre d’ Aubusson.